6月30日下午，燕京啤酒2020中国足协杯第二阶段抽签仪式在苏州举行。本阶段共有8支中甲球队参赛，并与首轮晋级的8支中超球队抽签。作为嘉宾，李铁和李冰分组为16支队伍抽签。

根据抽签规则，2020年足协杯第二阶段的8支中超球队分为4支种子队和4支非种子队。种子队分为两个级别，第子队为2019年足协杯冠军（或亚军）和超级冠军，2019年的二、三种子队为二种子队。足协杯卫冕冠军上海绿地申花未能晋级第二轮，取而代之的是山东鲁能泰山队。

种子队一：山东鲁能泰山、广州恒大淘宝2号种子队：北京中赫国安、上海上钢中超非种子队：江苏苏宁易才、广州R&；F、 参加国际足联杯第二阶段比赛的中国甲8支球队分别是成都兴城人居、梅州客家、长春亚泰、台州远大、浙江能源绿城、昆山足球俱乐部6支参加第二阶段中甲联赛（崇超集团）的球队，中国甲级联赛第二阶段梅州赛区第一阶段确定的两支队伍和常州赛区确定的第一支队伍。

燕京啤酒2020中国足协杯第二阶段比赛安排如下：燕京啤酒2020中国足协杯第二阶段比赛定于11月26日开始，比赛制度和蓝绿区域仍将实行封闭式管理。第八场决赛将分为上、下两区。上半场广州恒大淘宝vs昆山FC，江苏苏宁易彩vs梅州客家，泰达vs天津梅州第一赛区，上海上钢vs长春亚泰，将于11月26日、27日在苏州赛区举行。下半年，北京与国安对成都兴城人居、武汉中铝对台州是大城市、广州富力对常州第一赛区、富力对山东鲁能泰山对浙江能源绿城将于2009年举行。

从四分之一决赛开始，所有比赛将移至苏州赛区。除中国足协杯半决赛外，其余赛季均为单淘汰赛，比赛定于12月19日举行。